Муҳаммад Шайбонийхон вафотидан сўнг Мовароуннаҳр ва Хуросонда марказий ҳокимият заифлашиб, амирлар ва султонлар марказий ҳокимиятга бўйсунмай қўйдилар. Убайдулла Султон 1512 йилда Бухоро ҳукмдори бўлган бўлса, 1534 йилдан бутун марказлашган ўзбек давлатининг Олий ҳукмдори этиб сайланди. Убайдуллахон мамлакат пойтахтини Самарқанддан Бухорога кўчирди. XVI асрнинг 40-йилларига ке-либ, зодагонлар ва маҳаллий сулолалар ўртасида шаҳарлар ва ҳудудлар учун кураш авж олиб кетди. Самарқанд ҳукмдори Абдулатифхон (1541-1552 йй.) билан Бухоро хони Абдулазизхон (1540-1550 йй.) ўртасидаги курашни Тошкент ва Сирдарё бўйидаги шаҳарларнинг ҳукмдори Бароқхон (Наврўз Аҳмадхон) янада кучайтирди. У ҳатто 1551 йилда Самарқандни босиб олди. Кармана ва Миёнқол ҳукмдори Абдулла Султон Бароқхонга қарши кураш олиб борди ва 1557 йилда Бухорони босиб олди.
1561 йилда тахтга ўтирган Искандархон ҳам сиёсий тарқоқликка барҳам бера ол-мади. Аммо унинг ўғли Абдуллахон II марказлашган шайбонийлар давлатини тиклаш мақсадида амирлар ва султонлар билан аёвсиз кураш олиб борди. Тинимсиз урушлар натижасида Фарғона (1573), Шаҳрисабз, Қарши, Ҳисор вилоятлари (1574), Самарқанд (1578), Тошкент, Шоҳруҳия, Сайрам, Оҳангарон (1582), Балх (1583), Бадахшон (1584), Ҳирот (1588), Хоразм (1595) Абдуллахон қўл остига бирлаштирилди. Аммо 1598 йилда Абдуллахон II вафотидан сўнг унинг ўғли Абдулмўмин узоқ муддат тахт-ни бошқара олмади. Сўнгги Шайбоний ҳукмдори Пирмуҳаммад II ҳам бебош амир-ларни тийиб қўя олмади.
Юзага келган вазиятдан Эрон сафовийлари, Хива иноқлари ва қозоқлар унумли фойдаландилар. Эронийлар Балхни, қозоқ султонлари ўз манфаатлари йўлида Тош-кентни эгаллаган бўлса, Хоразм хонлари мустақил бўлиб олдилар. Бухоронинг зода-гон гуруҳлари астраханлик Жонибек Султонни тахтга таклиф қилдилар. Жонибек Султон ўғиллари фойдасига тахтдан воз кечди ва шу тариқа Ўрта Осиёда аштархо-нийлар сулоласи ҳукмронлиги бошланди. Аштархонийлар Балхни эронийлардан, Тошкентни қозоқлардан тортиб олдилар. Аммо кўпгина урушларга қарамай Хоразм ўз мустақиллигини сақлаб қолди.
Айрим аштархоний ҳукмдорлари Имомқулихон (1611 1642 йй.), Абдулазизхон (1645-1680 йй.), Убайдуллахон (1702-1711 йй.) ҳукмронликлари даврида марказий ҳокимиятни кучайтиришга ҳарчанд ҳаракат қилинмасин, бу ҳаракатлар айтарли ижо-бий натижалар бермади. Маҳаллий амирлар ва султонлар ўз жойлашган шаҳар ва ҳудудларида ҳокимлик қилиб, бу ҳудудларда йирик ер эгалари бўлибгина қолмай, бу-тунлай хўжайин эдилар. Улардан кўпчилиги ўз гуруҳлари кучига таяниб марказий ҳокимиятга деярли бўйсунмас эдилар. Ҳукмдорлар эса амирлар ва султонларнинг бир-бирлари устига юришларидан кўп фойдаланардилар. Абдулфайзхон ҳукмронлиги даврида (1711-1747 йй.) марказий ҳокимият ўз аҳамиятини йўқотиб борди. Ҳокимият аста-секинлик билан манғит уруғлари қўлига ўта бошлади. Бу уруғ вакили бўлган Муҳаммад Раҳим 1753 йилда амир унвони билан Бухоро тахтига ўтирди.
Хоразм ҳудудида 1512 йилда мустақил Хива хонлиги вужудга келди. Унга Шайбо-ний уруғидан бўлган Элбарсхон (1512 1525 йй.) асос солди. Элбарс вафотидан кейин Хива хонлари тез-тез алмашиб турган. Ўзаро урушлар ва ҳукмдорларнинг тез-тез ал-машиб туриши натижасида бу даврда Хоразм ҳали марказлашган давлат даражасига етмаган эди.
Хон ҳокимияти қабила зодагонлари билан чекланган бўлиб, низолар ва ўзаро урушлар деярли тинмаган. Шу даврда Хоразм чуқур инқироз даврини бошидан ке-чирди. Савдо-сотиқнинг арзимас даражада эканлиги шаҳар ҳаётини суст ривожлан-тирди. Бу жараён XVII-XVIII аср бошларида ҳам давом этди. XVII аср охири — XVIII аср бошларига оид Хоразм ҳақидаги маълумотларда сиёсий ва иқтисодий таназзул таъкидланади. Хусусан, Абдулғозийнинг «Шажараи турк» асарида, Иван Федотов маълумотларида бу ҳолат қайд этилган. Бошқарувда вазир қушбеги билан биргалик-да хон маслаҳатчилари, иноқларнинг борлиги маъмурий тузумнинг жуда мураккабли-гидан дарак беради. Хўжалик инқирози ва феодал урушлар Хоразм воҳаси мадания-тига ҳам путур етказди. Феодал ўзаро низолар Араб Муҳаммад (1602-1623 йй.) ва унинг ўғилари даврида энг юқори нуқтага етди. Асфандиёр (1623-1643 йй.), Абулғозихон (1643-1663 йй.), Ануша (1663-1687 йй.) лар даврида Бухоро билан Хива ўртасида мамлакат аҳволини хароб қиладиган урушлар бўлиб ўтди.
Аштархонийлар давридаги иқтисодий-сиёсий тушкунлик Бухоро хонлигини парча-ланишига олиб келди. Бу даврда Фарғона хонликдан алоҳида ўлка сифатида ажралиб чиқди. 1710 йилда минглар сулоласидан бўлган Шоҳруҳбий Фарғонада ҳокимиятни ўз қўлига олди. Минглар сулоласи кейинчалик Сирдарё ҳавзасини, Еттисувнинг бир қисмини эгаллади. Бу давлатнинг пойтахти Қўқон шаҳри бўлиб қолди.
XVIII аср бошларида Бухородан Балх, Хоразм, иккинчи ярмида Тошкент мустақил давлат сифатида ажралиб чиқдилар. Ички келишмовчилик, низолар ва сиёсий паро-кандалик мамлакатдаги бўлиниб кетишнинг асосий сабаби бўлди. 1722 йилдаги Ра-жабхон қўзғолони Бухоро хонлигини ларзага солди. Абулфайзхон (1710-1747) даври-да Бухоро хонлиги шу даражада парокандачиликни бошидан кечирдики, Эрон шоҳи Нодиршоҳ 1710 йилда Бухорони, кейин Хоразмни босиб олди. Бухороликлар ва хо-размликларни эронийлар талаб, хонавайрон қилдилар. 1747 йилда Нодиршоҳ вафо-тидан кейин Абулфайзхон ҳам ўлдирилди.
Ўрта Осиёнинг хонликларга бўлиниб кетиш оқибатлари
Учта хонлик бошқарув тизимида феодал муносабатлар асос қилиб олинган эди. Хонликлар ҳудудида ер эгалигининг учта тури: давлат ерлари, хусусий ерлар, вақф ерлари мавжуд эди.
Хонликлар аҳолиси асосан деҳқончилик, чорвачилик ва ҳунармандчилик билан шуғулланар эдилар. Асосий солиқ турлари хирож, закот бўлиб, шу билан бирга турли мажбуриятлар мавжуд эди. Булар Хива хонлигида бегар, қазув, мушрифона ва бошқалар бўлса, Бухоро амирлигида уруш пайтда олинадиган фавқулодда солиқ-жул, сув ҳақи, нимсара ва бошқалар, Қўқон хонлигида эса ҳашар, ҳарбий хизмат мажбури-ятлари бор эди.
Хонликлар бошқарувида ислом мафкураси асосий ўринни эгаллаган бўлиб, диний мутаассиблик мамлакат тараққиётига салбий таъсир кўрсатар эди. Айниқса, хонлик-лар ичидаги этник гуруҳбозлик фуқароларнинг тинч ва осойишта ҳаёт кечиришига тўсиқ бўлар эди. Ундан ташқари турли уруғ вакиллари давлат бошқарувида юқори мавқега эга бўлиш учун бошқа уруғ вакилларига қарши зимдан ва очиқчасига кураш олиб бориб, сиёсий беқарорликни келтириб чиқарар эдилар. Буни Хива хонлигидаги XVIII аср воқеаларида яққол кўришимиз мумкин. Бу даврда Хивада турли уруғ вакил-ларидан хонлар кўтарилди.
Бу хонларнинг алмашиши халқ учун катта кулфатлар келтирар эди. XVII аср охир-ларига келиб, Хива хонлигида қўнғиротларнинг мавқеи оша борди ва 1804 йилда улар Хива хонлиги тахтини эгаллаб, 1920 йилгача бу хонликда ҳукмронлик қилишди. Қўқон хонлигида ҳукмронлик қилишган минглар сулоласи ўзларининг ташқи истило-чилик урушлари ва ўзаро сулолавий курашлари билан хонлик аҳолисининг ижтимоий, иқтисодий аҳволини янада оғирлаштирди. Айниқса Худоёрхон даврида талончилик урушлари ва солинган кўплаб солиқлар халқнинг кўплаб норозилигига сабаб бўлди, натижада Худоёрхон икки маротаба тахтдан ҳайдалиб, яна тахтни эгаллади. Минглар сулоласи Қўқонда 1710 йилдан 1876 йилгача ҳукмронлик қилишди.
XVII-XVIII асрнинг биринчи ярмида битта иқтисодий ҳудуддаги бир элат, бир халқнинг учта мустақил, сиёсий хонликка ажралиб кетиши, бу ҳудудда яшаётган халқларнинг бошига жуда оғир кулфатларни келтирди. Хонликлар ичидаги сулолавий ва ўзаро урушлари халқнинг оғир аҳволини янада оғирлаштирди. Хиваликларнинг туркман уруғларига қарши уюштирадиган мавсумий талончилик юришлари, Бухоро амирлигининг Китоб ва Шаҳрисабз бекликларига қарши олиб борган доимий урушла-ри, Қўқон хонлигининг Тошкент ва Хўжанд учун Бухоро амирига қарши курашлари битта халқнинг парчаланишига, ўзаро маданий, савдо алоқаларининг узилиб қолишига сабаб бўлди.
Хонликлар ҳудудидаги халқ норозилик ҳаракатлари шафқатсизлик билан бостирилди, ҳар қандай илғор фикр, янгилик диний мутаассибларнинг таъқибига учрар эди. Бу пайтда нафақат бошқа ҳудудлар билан ҳатто Қўқон, Хива, Бухородаги мада-ний марказларнинг ҳам ўзаро алоқаси йўқ эди. Бу ўз навбатида Ўрта Осиё илм-фанини турғунликка, ҳатто таназзулга олиб келди. Табиий фанларга эътибор умуман йўқолди. Ўрта Осиё халқлари Европа фан техника тараққиётидан бехабар бўлиб, орқада қолиб кетди.
Россия билан ўрнатилган савдо алоқалари асосан бир гуруҳ бойлар қўлида бўлиб, улар маданий алоқаларга, фан-техника тараққиётини кириб келишига айтарли таъсир кўрсатмади ва ўлкадаги иқтисодий, ижтимоий-сиёсий вазият чор Россияси-нинг ўз агрессив мақсадлари учун шароит яратиб берди. Натижада Россия Ўрта Осиёни осонлик билан босиб олди.
