Чор Россияси 1853 йилдан Қўқон хонлиги ҳудудига ҳужум уюштиришга киришди. 1859 йилда подшо Александр II кенгашда Туркистон ўлкасини истило қилиш зарурлигини таъкидлади ва ўзининг содиқ малайларига бир қатор кўрсатмалар берди. Жумладан, қаршилик кўрсатган шаҳар ва қалъалар аҳолисини қириб ташлашни буюрди.
1860 йил 29 августда полковник Циммерман бошлиқ чор қўшини Пишпек (ҳозирги Бишкек)ка ҳужум қилиб 4 сентябрь куни босиб олди. Қалъанинг кули кўкка совурилиб, тирик қолган ҳимоячилар қиличдан ўтказилди.
1861 йил 28 июнь куни Петербургда подшо иштирокида ўтказилган мажлисда Қўқон хонлигини босиб олишни охирига етказишга қарор қилинди.
1862 йилда чор қўшини Оқсув, Пиштепа ва Чолдевор қалъаларини босиб олди.
1863 йили май ойида Туркистон шаҳри томон юриш бошланди ва 8 июнда Чўлоқ қўрғони истило қилинди.
Рус қўшини 1864 йил 4 июнда Авлиёота шаҳрини, 12 июнда Туркистон шаҳрини, 22 сентябрда эса Чимкент шаҳрини босиб олди. Черняев бошлиқ қўшин 1864 йил 27 сентябрда Тошкентга юриш бошлади. 4 сентябрда шаҳар остоналарига етиб келиб шаҳарга ҳужум уюштирди. Босқинчилар шаҳар ҳимоячиларининг қаттиқ қаршилигига учради ва Чимкентга қайтиб кетишга мажбур бўлди.
1864 йил ноябрда қўқонликлар ва рус қўшини ўртасида Иқон жанги бўлиб ўтди.
1865 йил баҳорида Черняев бошлиқ рус қўшини Тошкентга янги юриш бошлади. Руслар бир гуруҳ фитначилар ёрдами билан Тошкентни сув билан таъминлайдиган Ниёзбек қалъасини олишди. 1865 йил 9 май куни Тошкент шаҳрини эгаллаш учун ялпи ҳужум бошланди. 17 июнь куни тошкентликлар таслим бўлди.
1866 йили Бухоро амири Хўжанд шаҳри ва унинг атрофидаги қалъаларни босиб олиш учун Қўқон хонлигига қарши юриш бошлади. Лекин унинг қўшини Сирдарё бўйидаги Эржар манзилгоҳида руслар томонидан тор-мор этилди. Жангда енгиб қулай вазиятдан фойдаланган руслар 1866 йил 24 май куни Хўжандни истило қилди. Август ойларида Чирчиқ водийси ҳам уларга ўтди. Кейин Жиззахни босиб олиш учун ҳаракат бошланди ва 18 октябрь куни жиззахликлар таслим бўлди. Руслар юришни давом эттириб Ўратепа ва Янгиқўрғон қалъаларини ҳам истило қилишди. Энди Бухоро амирлиги ва Қўқон хонлиги ўртасида умумий чегара қолмади.
1867 йил 14 июлда Россия императори Александр II Туркистон ўлкасидаги истило қилинган ҳудудларда Туркистон генерал-губернаторлигини ташкил қилиш ҳақида фармон чиқарди. Туркистоннинг биринчи генерал-губернатори этиб К.П. фон Кауфман тайинланди.
1868 йил 13 февралда Қўқон хони Худоёр Россия империясининг вакили фон Кауфман билан шартнома тузди. Шартномада Қўқон хонлиги бундан буён Россия империясининг вассали бўлиши айтилди ва давлат мустақиллигини йўқотди.
Бухоро амирлигига қарши юриш бошлган чор қўшини 1868 йил 1 майда Самарқанд шаҳри яқинидаги Чўпонота тепалигидаги жангда амир қўшини устидан ғалаба қозонди, 2 май куни Самарқандга бостириб кирди.
Самарқанднинг руслар томонидан истило қилиниши халқ қўзғолонига сабаб бўлди. 1 июнда русларга қарши йирик қўзғолон бошланди.
Бухоро амири Самарқандни қайтариш учун қўшин тўплаб русларга қарши жўнатди, лекин 2-3 июнь кунлари Зирабулоқ жангида бухороликлар енгилди. Амир Бухорога қочишга мажбур бўлди.
Зирабулоқдаги мағлубият ва амирнинг қочиши 1 июнда Самарқандда бошланган қўзғолонни кучайтириб юборди. Исён 8 июнгача давом этди, қўзғолончилар шаҳардаги босқинчи рус гарнизонини қамал қилиб ўққа тутди. Фақат 8 июнь куни фон Кауфман бошлиқ босқинчилар Самарқандга кириб қўзғолонни бостирди. Амир бирор ёққа қочишни мўлжаллаганди, лекин атрофидаги зодагонлар уни фон Кауфман билан сулҳ тузишга кўндиришди.
1868 йил 23 июнда Самарқандда Россия - Бухоро битими имзоланди. Битими кўра, Бухоро амирлиги Россия империясига тобе бўлиб мустақиллигини йўқотди. Шунингдек, Россияга 500 минг рубль товон тўлаш мажбурияти олинди.
Амирнинг таслимчилик чоралари унинг катта ўғли Абдулмалик тўра (1848-1909) бошлиқ зодагонлар томонидан қўллаб қувватланмади ва улар амирга қарши очиқдан-очиқ уруш бошлашди. 1869 йил ёзида Самарқанднинг Жом қишлоғи яқинида амир Музаффар қўшини Абдулмалик тўра қўшини томонидан яксон қилинди. Амир мустақиллик тарафдорларини якка ўзи енга олмаслигини англаб Туркистон генерал губернатори фон Кауфмандан ёрдам сўради. 1869-1870 йилларда руслар ва амирнинг бирлашган қўшини Абдулмалик тўра қўшинига бир қанча зарбалар берди. Амир ўз мақсадига эришди, лекин Бухоронинг Россияга тобелиги мустаҳкамланди. 1870 йил 14 августда узоқ курашдан сўнг Китоб ва Шаҳрисабз бекликлари руслар томонидан босиб олинди.
1870-1875 йилларда чор қўшини Зарафшоннинг юқори оқимидаги бекликларни истило қилди.
1873 йил баҳорида рус қўшини Хива хонлигига қарши уруш ҳаракатларини бошлади.18 май куни Кауфман қўшини Амударёдан кечиб ўтиб, 23 май куни Ҳазораспни босиб олди. Бир неча кун ичида Қўнғирот, Хўжайли ва Манғит каби қалъалар истило қилинди. Хива хони жанг қилиш ўрнига саҳрога яширинди. 29 майда Хива русларга таслим бўлди.
Руслар фақат хон билан сулҳ тузишларини айтиб хоннинг амакиси Отажон тўра юборган элчиларни қайтариб юборди. Ниҳоят, 1873 йил 12 августда Хива яқинидаги Гандимиён қишлоғида Туркистон генерал губернатори фон Кауфман ва Хива хони Муҳаммад Раҳим ўртасида битим тузилди. Битимга кўра, Хива хонлиги Россия империясига тобе бўлиб, мустақиллигини йўқотди, олдинлари хонликка қараган Амударёнинг ўнг соҳилидаги ерлар Россияга топширилиб, у ерда Амударё округи (1883 йилдан Амударё бўлими) тузилди. Шунингдек, хонлик 2 млн 200 минг рубль миқдорда контрибуция тўлайдиган бўлди.
Хивани бўйсундирган руслар туркманларга қарши юришга тайёргарлик кўришга киришди. Лекин 1873 йили урушдан сўнг мамлакат хўжалиги издан чиққан Қўқон хонлиги ҳудудида мустабид Худоёр ва руслар истилосига қарши ғалаёнлар бошланди. Кичик исёнлар 1873-1875 йилларда қисқа танаффуслар билан давом этди. Энг асосий қўзғолон Пўлатхон бошчилигида 1875 йил баҳорида юз берди. Уларга қарши Худоёр қўмондон Абдураҳмон офтобачини жўнатди, лекин Офтобачи 17 июль куни қўзғолончилар томонига ўтиб кетди. 18 июль куни Худоёрнинг ўғли Насриддин, 20 июль куни эса хоннинг укаси Султон Мурод ҳам қўзғолончилар томонига ўтди. 20 июль куни Худоёр ўз тахтини сақлаб қолиш ниятида фон Кауфманданёрдам сўраб мактуб жўнатди. 22 июлда Худоёр Тошкентдан руслар қўшини зудлик билан ёрдамга келолмаслигини англаб қочиш пайига тушди. Қўқонда турган рус бўлинмаси паноҳида Тошкентга борди, қўзғолончилар хонни тута билишмади. Худоёр Тошкентда Кауфман билан учрашди. Кауфман эртаси куни уни Оренбургга сургун қилди.
Худоёр қочгач, унинг ўғли Насриддин тахтга чиқиб олди. Қўзғолончилар эса фақат Пўлатхонни хон деб тан олишди. Қўзғолончилар иккига бўлинди: биринчи гуруҳ Абдурахмон офтобачи ва Насриддин, иккинчи гуруҳ Пўлатхон тарафдорлари эди.
Қўзғолоннинг бориш, асосан, Пўлатхон номи билан боғлиқ. Унинг тарафдорлари мустабидларга қарши жангларда бир қатор ғалабаларга эришди. Кауфман қўзғолон хавфини англаб етди ва 9 август куни махсус фармон чиқарди. Рус қўшини қўзғолонни бостиришга сафарбар этилди. 14 августда Абдурахмон офтобачи қўшини руслардан енгилди. 22 август куни эса Маҳрам жанги юз берди. Кейинги жангда ҳам Офтобачи тарафдорлари мағлубиятга учради. Офтобачи Кауфмандан омонлик сўраб мактуб ёзди, лекин Кауфман Офтобачининг ўз оёғи билан келиб асирга тушишини талаб қилди.
1875 йил 22 августда Худоёрнинг ўғли Насриддин Марғилонда Кауфман билан сулҳ тузди. Сулҳга кўра, Сирдарёнинг ўнг соҳилидаги ҳудудлар, Наманган ва Чуст шаҳарлари Россия империяси таркибига кирди, хонлик 2 млн рубль товон тўлаши шарт эди.
Пўлатхон тарафдорлари 28 сентябрдан 5 октябргача рус босқинчиларига қарши уруш олиб боришди. 9 октябрда Пўлатхон тарафдорлари Қўқонни эгаллашди, хоин Насриддин қочиб кетди. Хонликнинг сақланиб қолган ҳудудида энди Пўлатхон ҳукмронлик қила бошлади. Қўзғолончилар ҳукмронлик ўрнатган ерларда золимларни қатағон қилишди.
Кауфман исённи бостириш учун катта куч юборди. Чор қўшини 1876 йил 8 январда Андижонга ҳужум бошлади ва шаҳарни қийинчилик билан босиб олди. 24 январь куни Абдурахмон офтобачи ўз тарафдорлари билан Кауфманга таслим бўлди, унинг қўшини эса тарқатиб юборилди. Шундан сўнг, Пўлатхонга ҳужум қилинди, кўплаб жанглар ва узоқ таъқибдан сўнг қўзғолончилар енгилишди. 18февралдан 19 февралга ўтар кечаси Пўлатхон русларга тутиб берилди. Кауфман буйруғига кўра Пўлатхон 1 март куни Марғилонда дорга тортилди. Айни дамда, Қўқон хонлиги тугатилиб, унинг ҳудуди Туркистон генерал губернаторлиги таркибига қўшиб юборилди.
Фарғона водийсидаги қўзғолонлар бостирилгач, чор қўшини туркманларга қарши уруш бошлади. Руслар 1877 йили Қизил Арватни босиб олишди, 1881 йилда эса Кўктепа қалъасини вайрон қилишди. Кўктепада қирғин уюштирилди ва 40 мингдан ортиқ киши қириб ташланди. Руслар Ашхободни 1884 йили, афғонларга қарашли Кушкани эса 1885 йил мартда истило қилишди.
1895 йилги инглиз-рус битимига кўра, Помирда Афғонистон билан чегара Панж дарёси бўйлаб ўтиши масаласи ҳал этилди. Англиянинг Ҳиндистондаги мулки ва Россиянинг Ўрта Осиёдаги мулки орасидаги тор ҳудуд Афғонистонга берилди, бу билан Россия ва Англия мустамлакалари бир-бирига туташмайдиган бўлди.
"Шарқнинг машҳур сулолалари" 548-552 бетлар. (Шодмон Воҳидов, Алишер Қодиров, Академнашр 2013)